Triagem otimizada de epítopos consensuais do antígeno estrutural E2 de CHIKV e EEEV : uma abordagem in silico.

Abstract

Nos últimos anos, a vacinologia reversa e a imunoinformática revolucionaram a construção de protótipos vacinais. Apesar dos avanços nas etapas de seleção de alvos imunogênicos, doenças virais importantes, como as causadas por Alphavirus, permanecem sem tratamentos ou vacinas licenciadas nas principais agências de saúde do mundo. No presente estudo, nós identificamos através de abordagens in sílico epítopos lineares e conservados das proteínas estruturais E2 dos Alphavirus Chikungunya virus (CHIKV) e Eastern equine encephalitis virus (EEEV). Para identificação dos epítopos foram utilizadas as predições das ferramentas: Bepipred 2.0 e Predicted Antigenic Peptides/IMED para células B, NetCTL para células T-citotóxicas e IEDB – Binding Predictions para células T-auxiliares. Para predição de conservação foi usada a ferramenta IEDB - Epitope Conservancy Analysis. Foram identificados 294 peptídeos preditamente antigênicos nas proteínas E2 destes vírus, sendo 71,20% para células T-auxiliares, 19,92% para células B e 8,87% para células T-citotóxicas. Com 60% de identidade mínima entre as sequências, a análise de conservação identificou 63 (21.50%) destes peptídeos como sendo conservados. Desconsiderando a redundância das sequências, 40 destes epítopos foram selecionados. Os epítopos conservados foram analisados na estrutura tridimensional e estão distribuídos entre os 3 domínios da proteína. A identificação dos alvos conservados entre Alphavirus artritogênicos e encefalitogênicos constituí importante via para o desenho otimizado de antígenos para plataformas vacinais. Além disso, a seleção otimizada destes epítopos pelas ferramentas POA1 e POA2, mostram que estas ferramentas podem ser usadas para identificação de peptídeos em múltiplas abordagens visando proteínas virais para o desenvolvimento de vacinas e testes diagnósticos.